肛周脓肿根据是否与肛隐窝相关可分为二大类：第一类为由肛隐窝感染所致者称为瘘管性脓肿；第二类为感染与肛隐窝无关者称为非瘘管性脓肿。绝大多数肛周脓肿都是属于第一类，即是其病根在直肠的肛窦处，感染首先从这里开始，进而扩散蔓延到肛门直肠周围间隙疏松组织中，肛门皮肤上破溃或切开形成的伤口只是脓肿的继发性外口，而引起脓肿的真正地方是直肠内的原发性内口。这样一个脓肿就有了两个或两个以上的开口，一个在外，一个在内。从外口来看有时可因脓汁排出，炎症减轻而暂时性闭合，病人感到似乎痊愈了。但实质上由于内口里的感染性分泌物不能流出，当然也就没法愈合，当粪便或其它脏东西进入，就会重新引起或加重感染，肿痛化脓，顺着原来的创口流出，也有的从新的地方破溃而出，如此反复发作，经常流脓、瘙痒，内裤总是不干净，使病人感到非常烦恼，剧烈活动后因脓汁刺激，皮肤摩擦而痛苦加重，影响工作和劳动。而在肛周脓肿中占分额很少的非瘘道性脓肿经一般切开引流后即可治愈而不形成肛瘘。
由此可见，绝大部分肛周脓肿都会转为肛瘘，至于具体所占比例，目前还没有较准确的统计数字。
