多数急性或慢性腹泻患者只需根据病史，体征及必要的实验室检查，如粪便常规及培养等即可明确诊断，当一般常规检查后仍不能作出诊断时，应考虑作进一步检查，但由于可供检查的项目甚多，故必须结合每例患者腹泻的特点而作出选择。
实验检查：
1、粪便检查：出血、脓细胞、原虫、虫卵、脂肪滴等。
2、血液检查：血红蛋白、白细胞及其分类等都有助于慢性腹泻的诊断。
3、小肠吸收功能测定：显示肠道吸收不良。
4、X线及内窥镜：检出病变位置、运动功能状态、胆石等。
5、B超显像。
6、小肠黏膜活组织检查。
7、血浆激素和介质测定：对分泌性腹泻的诊断具有重要意义。
8、内镜检查：结肠镜检查和活检可以发现结肠肿瘤、炎症性肠病、放射性肠炎、缺血性肠炎和肠道特异性炎症等。
辅助检查：
1、肛门指诊：简单易行，直肠癌大部分在直肠，均可通过肛门指诊触及，故对于诊断直肠癌极有意义。
2、乙状结肠镜检查：简单易行，检查1次只需5分钟，痛苦小，可直接看到肠粘膜病变，并可在检查过程中取肠粘膜活检及作肠拭子细菌培养，阳性率高，故对于鉴别诊断意义大。
3、纤维肠镜检查：可以从肛门看到回盲部，视野清晰，检查全面、直接，可以发现比较轻微、范围小的病变，可摄片、拍电影录像，是最有意义的鉴别诊断方法，值得推荐。目前纤维肠镜在全国范围内比较普及。部分患者在检查过程中感到腹痛明显，偶有诱发冠心病者或导致肠穿孔，但只要术者细致，是可以避免的。
4、钡灌肠：部分患者，肠道狭窄或痉挛，肠腔不易通过，需要进行钡灌肠。可观察全结肠病变，且钡灌肠更为安全，痛苦小，可弥补纤维肠镜之不足。
