巧克力囊肿不是必须手术的。巧克力囊肿的治疗方法有手术治疗、保守治疗、药物治疗。巧克力囊肿的处理要根据患者的年龄、症状、病变的部位，以及对生育的要求进行个体化的治疗。如果巧克力囊肿比较小，并没有严重的痛经症状，可以考虑选择药物治疗。药物治疗也能够抑制卵巢巧克力囊肿的继续发展，特别适合有慢性盆腔疼痛、月经期间疼痛的患者。如果有生育要求，而且卵巢巧克力囊肿并不是特别大的患者，可以正常备孕。一旦备孕成功之后，在怀孕期间卵巢巧克力囊肿是处在逐渐萎缩的状态，也有利于缓解卵巢巧克力囊肿的症状。
