手足口病的水疱大多数为米粒到绿豆大，周围有红晕，疱内含的浆液一般不会破溃，2-4天左右会干燥、吸收、好转，而不留任何疤痕。水疱主要分布在手指和脚趾掌面，婴幼儿或皮疹多的人还可以见于手掌、足底、臀部、大腿内侧。
在嘴里发生的水疱容易出现溃疡，因疼痛而影响进食。手足口病为自限性的病毒感染，即使不治疗一周左右也会自己痊愈。只有2％患者会发生重症，重症的患者可在发病的1-5天左右，出现脑膜炎、脑炎、脑脊髓炎以及肺水肿。
