尿道口异位
尿道下裂的症状有尿道开口不位于正常的位置，及远端龟头的中央，而是在阴茎腹侧、正常尿道口近端至会阴部的途径上。尿道开口越靠近阴囊或会阴部位，表示尿道下裂的程度也越严重。
阴茎下弯
阴茎向腹侧弯曲。尿道下裂伴有明显阴茎下弯的只占35％，而且多为轻度下弯。按阴茎头与阴茎体纵轴之间的夹角将阴茎下弯分为轻度。后两者在成年后性交困难。导致阴茎下弯的主要原因为尿道板纤维组织增生、阴茎体尿道腹侧皮下组织各层缺乏、阴茎海绵体背腹两侧不对称。
包皮异常分布
阴茎头腹侧包皮未能在中线融合，故呈V形缺损，包皮系带缺如、全部包皮转移至阴茎头背侧呈帽状堆积。
其他相关异常
其他相关异常包括隐睾、腹股沟疝和鞘膜积液。前段，中段和后段尿道下裂患者中腹股沟疝的发病几率相似，但隐睾多见于后段型尿道下裂病人。同时患有尿道下裂和隐睾的男婴，及时外生殖器明显也应引起警惕，需要评估两性畸形的可能。
前列腺囊发生于重度尿道下裂，可能是副中肾管退化不全或尿生殖窦男性化不全的遗迹。一些病人可合并阴囊转位、阴茎扭转、小阴茎及重复尿道，极少数病人合并肛门直肠畸形。
