先天性肛门畸形是由于胚胎发育过程中肛门的形成异常而引起的。胚胎发育过程中，形成肛门的过程受到多个遗传和环境因素的调控。

遗传因素在先天性肛门畸形的发生中起着重要作用。一些家族研究表明，先天性肛门畸形可能与某些基因突变有关。例如，研究发现，突变于PTEN基因的个体患有先天性肛门畸形的风险相对较高。许多遗传综合征如Down综合征、亚胞双胎等也与先天性肛门畸形的发生相关。

环境因素也可能是先天性肛门畸形的诱因之一。母体在妊娠期间接触到有害物质或遭受外界不良环境刺激，可能会对胚胎的肛门发育过程产生影响。一些研究表明，母体在孕期接触到化学品、辐射、药物或某些病毒感染等都可以增加先天性肛门畸形的风险。孕妇的糖尿病、肾脏疾病等慢性疾病以及孕期缺乏营养等也与先天性肛门畸形的发生有关。

胚胎的某些发育异常也可能导致先天性肛门畸形的发生。胚胎的正中轴和后肠的发育异常可能会导致肛门的形成不完整或分离异常。例如，胚胎发育过程中后肠未能完全闭合，导致肛门畸形。

先天性肛门畸形的发生是多种因素共同作用的结果，其中遗传因素、环境因素以及胚胎发育异常等都可能对肛门的形成造成影响。了解这些因素，可以帮助人们更好地预防和治疗先天性肛门畸形。