间断性肛门疼痛的引起可能是由于以下几个原因：

1. 痔疮：痔疮是肛门周围静脉曲张的结果，常常会导致肛门疼痛。痔疮疼痛通常是间断性的，会出现在排便后或长时间站立、久坐等情况下。

2. 肛裂：肛裂是肛门周围皮肤或黏膜的裂口，通常由于便秘、过硬的大便、肠道炎症等原因引起。肛裂疼痛常常是间断性的，尤其在排便时会加剧。

3. 肛门肌肉痉挛：肛门肌肉痉挛是指肛门括约肌的异常紧张，常伴随着肛门疼痛。这种疼痛通常是间断性的，可能会在排便后或长时间保持一个姿势时出现。

4. 直肠息肉：直肠息肉是直肠黏膜上的良性肿瘤，常常会导致肛门疼痛。间断性的肛门疼痛可能是由于肛门括约肌的痉挛或直肠黏膜的炎症引起的。

5. 直肠炎症：直肠炎症包括直肠炎、结肠炎等，常常会导致肛门疼痛。这种疼痛可能是由于肠道炎症刺激直肠黏膜或邻近的组织引起的。

其他可能的原因还包括肛门周围脓肿、直肠或肛门肿瘤等。如果出现间断性肛门疼痛，应及时就医进行诊断，并根据具体病因进行治疗。