黄连具有清热燥湿、泻火解毒等功效，主要用于湿热痞满、呕吐泻痢、高热神昏、心火亢盛、目赤牙痛、痈肿疔疮等病症的治疗。
1、清热燥湿
黄连性寒味苦，归心、脾、胃、肝、胆、大肠经，能有效清除体内湿热邪气。对于胃肠湿热引起的腹泻、痢疾，可配伍木香、白芍等药物增强疗效。现代研究表明黄连中的小檗碱成分对痢疾杆菌、大肠杆菌等具有抑制作用。
2、泻火解毒
黄连可清泄心胃实火，适用于高热烦躁、神昏谵语等热毒炽盛症状。在治疗疮疡肿毒时，常与黄芩、黄柏配伍使用，如经典方剂黄连解毒汤。其抗菌消炎作用对金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等致病菌有显著抑制效果。
3、抗菌消炎
黄连所含生物碱成分具有广谱抗菌作用，能抑制多种病原微生物生长。临床用于治疗细菌性痢疾、急性胃肠炎等感染性疾病，可选用黄连素片、盐酸小檗碱片等剂型。体外实验证实其对幽门螺杆菌也有一定杀灭作用。
4、调节血糖
黄连中的药效成分可通过改善胰岛素抵抗、促进葡萄糖代谢等途径辅助调控血糖水平。糖尿病患者可在医生指导下配合使用黄连降糖片等中成药，但不可替代正规降糖药物治疗。
5、保护心血管
黄连提取物能扩张冠状动脉，改善心肌供血，同时具有抗心律失常作用。对于心火亢盛型高血压患者，含黄连的复方制剂如黄连上清丸可帮助缓解头晕目赤等症状。其抗氧化特性还对动脉粥样硬化有一定预防效果。
使用黄连需注意其苦寒特性可能伤及脾胃，脾胃虚寒者慎用。日常可配伍生姜、大枣等温中药物调和药性。服用期间忌食辛辣油腻，出现胃部不适时应减量或停药。建议在中医师指导下辨证使用，避免长期大剂量服用。孕妇、儿童等特殊人群用药前务必咨询专业医师。