马尾黄连具有清热燥湿、泻火解毒的功效，主要用于湿热泻痢、黄疸、湿疹瘙痒、目赤肿痛等症状。
1、清热燥湿
马尾黄连味苦性寒，归肝、胆、大肠经，能有效清除体内湿热。对于湿热蕴结导致的腹泻、痢疾，可配伍木香、白芍等药物增强止泻效果。湿热黄疸患者使用时可与茵陈、栀子同煎，促进胆汁排泄。外用煎汤熏洗可缓解湿疹渗液瘙痒，但皮肤溃烂者慎用。
2、泻火解毒
该药材含有小檗碱等生物碱成分，对金黄色葡萄球菌等病原微生物有抑制作用。适用于火热内盛引起的目赤涩痛，常与菊花、决明子配伍使用。对于热毒疮疡，可配合金银花、连翘捣敷患处。脾胃虚寒者需配伍干姜以中和药性。
3、调节肝胆
通过促进胆汁分泌帮助消化脂肪，改善肝胆湿热导致的胁肋胀痛。与柴胡、郁金同用可增强疏肝利胆作用。胆结石患者应在医师指导下配伍金钱草、鸡内金等溶石药物。用药期间需监测肝功能，避免长期大剂量使用。
4、抗炎止痒
所含药根碱能抑制组胺释放，对过敏性皮炎、荨麻疹有缓解作用。湿疹急性期可用鲜品捣汁外涂，慢性皮疹建议与地肤子、白鲜皮同煎湿敷。孕妇及过敏体质者外用前需做皮肤测试。
5、凉血止血
对血热妄行引起的鼻衄、痔疮出血有效，常配伍地榆、槐花炭增强止血效果。妇科崩漏患者可配合茜草、蒲黄炭调理。出血性疾病患者应避免与抗凝药物同用，用药期间观察出血倾向。
使用马尾黄连时需注意体质辨证，脾胃虚寒者应配伍温中药物，孕妇慎用。日常可配合薏苡仁、赤小豆等利湿食材调理，避免辛辣油腻饮食。外用制剂出现皮肤灼热感应立即停用，内服剂量需严格遵医嘱，不宜长期连续使用超过两周。建议定期复查肝肾功能，出现食欲减退或腹泻加重应及时就医调整用药方案。