花椒生姜水适量饮用对胃通常没有负面影响，但过量可能刺激胃黏膜。花椒和生姜均含有活性成分，合理使用可促进消化，但胃肠敏感者需谨慎。
花椒中的挥发油和生物碱具有温中散寒作用，生姜含姜辣素可促进胃液分泌。两者合用能缓解胃寒引起的腹胀、食欲不振，对功能性消化不良有一定改善效果。胃肠功能正常者每日饮用100-200毫升较为安全，建议餐后温热服用以降低刺激性。
胃溃疡、胃炎急性期患者饮用可能加重黏膜损伤，出现胃痛、反酸等症状。花椒的麻味成分可能诱发食管括约肌松弛，胃食管反流人群饮用后易引发烧心感。空腹饮用高浓度花椒生姜水会导致胃酸分泌过多，长期可能影响胃黏膜屏障功能。
饮用花椒生姜水时建议观察身体反应，出现胃部不适立即停用。胃肠疾病患者应先咨询医生，日常可搭配小米粥、山药等温和食物养护胃黏膜。避免与辛辣食物同食，控制单次饮用量不超过150毫升，连续饮用不宜超过7天。储存时需密封避光，隔夜花椒生姜水因成分氧化不建议再饮用。