菠萝食用时需注意过敏、胃肠刺激等禁忌，过量可能引发口腔黏膜损伤或腹泻等副作用。禁忌人群主要包括过敏体质者、胃肠疾病患者及空腹状态人群。
菠萝含有菠萝蛋白酶和草酸钙结晶，直接接触口腔黏膜可能导致刺痛或出血，建议食用前用盐水浸泡。胃肠功能较弱者大量进食可能诱发腹痛腹泻，每日食用量建议控制在200克以内。糖尿病患者需注意菠萝含糖量较高，可能影响血糖稳定。服用抗凝血药物的人群应谨慎，菠萝蛋白酶可能增强药物作用。孕妇过量食用可能刺激子宫收缩，孕晚期尤其需控制摄入量。
建议将菠萝作为餐后水果少量食用，避免空腹进食。过敏体质者初次尝试可先少量测试，出现唇舌麻木需立即停止食用。胃肠敏感者可选择加热破坏蛋白酶后再食用，糖尿病患者需监测血糖变化。日常储存时需冷藏保存避免腐败，切开后应尽快食用以保证新鲜度。若食用后出现皮疹、呼吸困难等严重过敏反应，应立即就医处理。