石榴适量食用通常安全，但过量可能引起胃肠不适或影响药物代谢。禁忌人群主要包括胃肠疾病患者、糖尿病患者及特定药物服用者。
石榴富含鞣酸和有机酸，过量食用可能刺激胃肠黏膜，导致腹胀、腹泻等症状。胃肠功能较弱者空腹食用易诱发反酸，建议餐后少量食用。石榴汁含糖量较高，糖尿病患者需控制摄入量以避免血糖波动。石榴中的成分可能抑制肝脏代谢酶活性，与降压药、抗凝药联用时会干扰药效，服药期间应咨询医生。石榴皮提取物有收敛作用，但自行煎煮可能因生物碱过量引发中毒。
部分人群对石榴存在过敏反应，表现为皮肤瘙痒或呼吸道水肿，过敏体质者初次食用需谨慎。石榴籽虽可食用，但幼儿及吞咽功能障碍者可能引发呛咳风险。中医认为阴虚火旺者长期大量食用可能加重口干症状。结石患者过量摄入石榴汁可能增加草酸盐沉积风险。孕妇少量食用安全，但民间用石榴皮止泻的偏方存在安全隐患。
健康人群每日建议食用不超过200克石榴果肉，榨汁时建议稀释饮用。食用后出现腹痛或皮疹应立即停用并就医。存储时避免潮湿环境导致霉变，切开后需冷藏并在24小时内食用完毕。选择成熟度适中的果实可减少涩味刺激，搭配酸奶或坚果能缓解酸性物质对胃肠的影响。特殊人群食用前建议进行营养评估，服药期间需间隔2小时再食用石榴制品。