适量食用蜂蜜通常不会产生副作用，但过量或特殊体质人群可能出现不良反应。蜂蜜的主要风险包括血糖波动、过敏反应、胃肠不适等。
蜂蜜含大量果糖和葡萄糖，每日摄入超过50克可能引起血糖快速升高，糖尿病患者需严格限制。未满1岁的婴儿食用可能因肉毒杆菌孢子引发中毒，表现为嗜睡、喂养困难。对花粉过敏者可能诱发荨麻疹、喉头水肿等速发型过敏反应，需立即停用并就医。空腹大量饮用蜂蜜水可能刺激胃酸分泌，导致反酸、烧心等症状，建议餐后1小时食用。部分市售蜂蜜掺入糖浆或添加剂，长期摄入可能增加代谢负担。
蜂产品过敏体质者首次食用应做皮肤测试。术后患者、肠易激综合征人群过量摄入可能加重腹胀腹泻。高温冲泡会破坏酶类活性，建议用60℃以下温水调和。野生蜂蜜可能含雷公藤等有毒花粉，采集来源不明产品需谨慎。药用蜂蜜如麦卢卡蜂蜜抗菌成分较高，健康人群长期服用可能干扰肠道菌群平衡。
建议成人每日蜂蜜摄入量控制在20-30克，优先选择正规渠道的纯天然产品。食用后出现皮肤瘙痒、腹泻等症状应及时停用。糖尿病患者应监测血糖变化，婴幼儿及孕妇食用前需咨询医生。储存时避免潮湿高温，结晶属正常现象不影响品质。搭配柠檬汁或温水可促进吸收，但避免与豆腐、韭菜等富含草酸的食物同食影响矿物质吸收。