莲藕茶一般不适合胃肠功能较弱、体质虚寒、经期女性、糖尿病患者以及过敏体质人群饮用。
胃肠功能较弱的人群饮用莲藕茶可能加重腹胀或腹泻症状，因莲藕中膳食纤维含量较高，可能刺激胃肠黏膜。体质虚寒者长期饮用莲藕茶可能加重手脚冰凉、畏寒等不适，莲藕性偏凉，过量饮用可能影响阳气生发。经期女性饮用莲藕茶可能增加痛经风险，莲藕的凉性可能影响气血运行。糖尿病患者需控制莲藕茶饮用量，莲藕含较多碳水化合物，可能引起血糖波动。过敏体质人群饮用莲藕茶可能出现皮肤瘙痒、红肿等过敏反应，与莲藕中的特殊蛋白成分有关。
饮用莲藕茶时建议观察身体反应，初次尝试者可少量饮用测试耐受性，避免空腹饮用或过量饮用。存在慢性疾病或特殊生理状态者，饮用前可咨询医师意见。日常可将莲藕茶与生姜、红枣等温性食材搭配，中和其凉性。储存莲藕茶需密封避光，防止受潮变质。冲泡时建议控制浸泡时间，避免茶汤过浓刺激胃肠。