南瓜子生吃或熟吃各有优势，生吃能更好保留水溶性维生素和酶类活性，熟吃则有助于提升脂溶性营养素吸收率并增强口感。南瓜子的主要功效包括改善前列腺健康、调节血糖、抗氧化及促进肠道蠕动等。
生吃南瓜子的优势在于完整保留维生素B族和维生素C等水溶性成分，其中的活性酶类物质如脂肪酶可能有助于消化功能。但生南瓜子含有少量胰蛋白酶抑制剂，可能影响蛋白质消化，且外壳较硬不易咀嚼充分。熟吃南瓜子通过加热可分解抗营养因子，使锌、镁等矿物质更易吸收，烘焙后产生的芳香物质能提升食欲，高温还能杀灭表面微生物。但长时间高温处理可能导致部分不饱和脂肪酸氧化，维生素E等热敏感成分损失。
从营养作用分析，南瓜子中的锌元素对男性前列腺健康具有保护作用，其植物甾醇可缓解尿频症状。丰富的镁元素参与血糖代谢，有助于改善胰岛素敏感性。所含的亚油酸和维生素E协同发挥抗氧化功能，减少自由基损伤。膳食纤维可促进肠道蠕动，但熟制后部分纤维可能软化。两种食用方式均能提供优质蛋白和健康脂肪，但生吃更适合作为营养补充，熟吃更偏向日常零食选择。
建议根据个人需求选择食用方式，消化功能较弱者优先选择熟制南瓜子，追求营养最大化可适当生吃。每日摄入量控制在20-30克为宜，避免过量摄入油脂。储存时需密封防潮，熟南瓜子开封后应尽快食用。搭配酸奶或水果可提升营养吸收率，但不宜与高草酸食物同食影响矿物质吸收。特殊人群如胆结石患者需控制摄入量，过敏体质者首次食用应少量尝试。出现口腔溃疡或胃肠不适时应暂停食用。