花椒籽具有温中散寒、除湿止痛、杀虫止痒等功效，主要用于缓解胃寒腹痛、风寒湿痹、蛔虫腹痛等症状。
1、温中散寒
花椒籽性温，归脾、胃经，能帮助驱散脾胃寒气。对于因饮食生冷或受凉导致的胃脘冷痛、呕吐清水等症状，花椒籽可通过煎汤或研末冲服发挥温中作用。脾胃虚寒者日常可用花椒籽5克配合生姜3片煮水饮用，但阴虚火旺者慎用。
2、除湿止痛
花椒籽含有挥发油和生物碱成分，能促进局部血液循环，缓解风寒湿邪引起的关节肌肉疼痛。风湿性关节炎患者可将花椒籽30克捣碎后与白酒200毫升浸泡7天，取药酒外擦疼痛部位，皮肤破损处禁用。
3、杀虫止痒
花椒籽中的柠檬烯等成分对蛔虫、蛲虫有麻痹作用，传统用于虫积腹痛。儿童蛔虫病可取花椒籽10克与乌梅15克煎服，连用3天。皮肤湿疹瘙痒时，可用花椒籽煮水晾凉后湿敷患处，能缓解瘙痒症状。
4、抑菌消炎
实验研究表明，花椒籽提取物对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌有抑制作用。民间常用花椒籽水漱口辅助治疗牙龈肿痛，或煎汤熏洗用于真菌性阴道炎的辅助治疗，但须配合正规药物使用。
5、促进消化
花椒籽能刺激唾液和胃液分泌，改善食欲不振。消化不良者可取花椒籽3克与山楂10克泡水代茶饮，但胃溃疡患者不宜长期服用。其辛辣成分还能促进肠蠕动，有助于缓解功能性便秘。
使用花椒籽时需注意控制用量，过量可能引起口干、头晕等不适。孕妇、哺乳期妇女及过敏体质者应在医师指导下使用。日常保存应置于阴凉干燥处，防止霉变。建议将花椒籽与其他温里药如干姜、高良姜配伍使用以增强效果，服用期间避免生冷油腻食物。若症状持续或加重，应及时就医明确诊断。