花椒具有温中止痛、杀虫止痒、促进消化等功效，主要用于缓解胃肠冷痛、呕吐泄泻、蛔虫腹痛等症状，外用可治疗湿疹瘙痒。
1、温中止痛
花椒性温味辛，归脾、胃经，能散寒暖胃。对于因寒邪侵袭导致的胃脘冷痛、腹部胀满有缓解作用，常与干姜、高良姜等配伍使用。现代研究表明其挥发油成分可抑制胃肠平滑肌痉挛。
2、杀虫止痒
花椒所含的柠檬烯、芳樟醇等成分对蛔虫、蛲虫有麻痹作用，传统方剂乌梅丸便以花椒为君药。外用煎汤熏洗可缓解阴部湿疹、皮肤瘙痒，但需避免接触黏膜。
3、促进消化
花椒能刺激唾液和胃液分泌，增强胃肠蠕动。适量食用可改善食欲不振、饭后饱胀，常作为调味料与肉类同炖以解腻助消化。
4、抗菌消炎
其挥发油对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌有抑制作用，民间常用花椒水漱口缓解牙龈肿痛，或外敷治疗轻度烫伤。
5、局部麻醉
花椒中的羟基-α-山椒素具有短暂麻痹神经末梢的作用，古代牙痛方剂中常含花椒成分，现代药理证实其镇痛效果可持续1-2小时。
使用花椒时需注意阴虚火旺者慎用，避免长期大量摄入；外用浓度过高可能引发皮肤刺激反应，建议先小面积试用；作为调味料每日摄入量不宜超过3克，孕妇及儿童应在医师指导下使用。储存时应密封避光以防挥发油成分流失，若出现霉变则不可继续服用。