腺样体肥大手术可能存在后遗症，但多数情况下症状轻微且可控。常见后遗症包括鼻咽部干燥、暂时性吞咽不适、术后出血等，严重并发症如鼻咽狭窄或脑脊液漏较为罕见。
腺样体切除术后较常见的后遗症是鼻咽部黏膜干燥感，由于腺样体切除后局部腺体减少，可能导致鼻腔保湿功能暂时下降，通常3-6个月可逐渐适应。术后1-2周可能出现吞咽疼痛或异物感，与手术创面愈合过程中的炎症反应有关，可通过温凉流食缓解。约5%-10%的患儿会出现短暂性开放性鼻音，多因软腭运动暂时性失调所致，多数在1个月内自行恢复。
严重后遗症如鼻咽部瘢痕狭窄发生率不足1%，多见于反复手术或特殊体质患者。极少数情况下可能因解剖变异导致脑脊液漏，需立即手术修补。术后出血概率约2%-3%，多发生在24小时内，与创面血管处理或凝血功能异常相关。长期随访数据显示，手术对免疫功能无明显负面影响，切除后其他淋巴组织可代偿其功能。
术后应保持口腔清洁，使用生理盐水漱口每日3-4次，避免用力擤鼻或剧烈咳嗽。饮食以温凉软食为主，避免辛辣刺激性食物。睡眠时可适当抬高床头，减少鼻腔充血。术后1周内避免剧烈运动，2周内禁止游泳。定期复查鼻内镜观察创面愈合情况，若出现持续发热、剧烈头痛或大量鲜红色鼻出血需立即就医。日常可配合鼻腔冲洗保持湿润，冬季使用加湿器改善空气湿度。