肛瘘手术后通常需要住院3-7天，具体时间与手术方式、创面大小及恢复情况有关。
肛瘘手术后的住院时间主要取决于手术创面的愈合进程。低位单纯性肛瘘采用瘘管切开术时，创面较小且位置表浅，术后3-5天可出院，此时需每日换药观察有无渗血或感染。高位复杂性肛瘘行挂线疗法或皮瓣推移术后，因创面较深且涉及括约肌保护，需住院5-7天监测体温变化和排便情况。部分患者术后出现发热或创面水肿需延长住院时间，通过静脉抗生素治疗控制感染。出院标准包括无活动性出血、排便通畅且创面肉芽组织生长良好，医生会根据每日肛门指检和视诊结果综合评估。
出院后应保持肛门清洁干燥，排便后使用1：5000高锰酸钾溶液坐浴10分钟，避免久坐久站压迫创面。饮食以高纤维食物如燕麦、西蓝花为主，每日饮水超过1500毫升预防便秘。术后2周内禁止剧烈运动或提重物，按医嘱定期返院复查瘘管愈合情况，若发现创面渗液增多或肛门疼痛加剧需及时就医处理。