近视眼手术可能出现副作用，但多数较轻微且可控。常见副作用包括干眼、眩光、夜间视力下降等，严重并发症概率较低。
近视眼手术后干眼是较常见的暂时性反应，与角膜神经暂时性损伤有关，多数在术后3-6个月逐渐缓解。使用人工泪液可帮助改善症状。眩光现象多发生在夜间或暗光环境下，与瞳孔大小和光学区设计相关，通常术后1年内会自然减轻。部分患者术后早期可能出现视物模糊或视力波动，这与角膜愈合过程有关，遵医嘱规范用药可促进恢复。
极少数情况下可能发生角膜扩张、角膜感染等严重并发症，多与术前筛查不严格或术后护理不当相关。严格把握手术禁忌症、选择正规医疗机构可显著降低风险。高度近视患者术后仍需定期检查眼底，近视手术仅矫正屈光状态，不能改变眼底病变风险。
术后需严格遵医嘱使用抗生素和抗炎眼药水，避免揉眼和游泳等可能污染眼睛的活动。保持规律作息，避免长时间用眼，室内可佩戴防蓝光眼镜减少视疲劳。术后1周内避免剧烈运动，1个月内防止汗水流入眼睛。饮食上多补充富含维生素A、叶黄素的食物如胡萝卜、菠菜等，有助于角膜修复。若出现持续眼红、疼痛或视力骤降需立即复诊。