肛瘘手术恢复时间通常为2-4周，具体恢复周期与手术方式、术后护理及个体差异有关。
肛瘘手术后的恢复过程可分为三个阶段。第一阶段为术后1-3天，此时伤口可能出现轻微渗血和疼痛，需保持会阴部清洁干燥，避免久坐或剧烈运动。第二阶段为术后4-14天，伤口逐渐愈合，疼痛感减轻，可进行轻度活动但仍需避免提重物或长时间站立。第三阶段为术后15-28天，多数患者伤口基本愈合，可恢复正常生活和工作，但深部瘘管或复杂手术可能需要更长时间恢复。传统切开术恢复较慢约需3-4周，而挂线术或激光手术恢复较快约2-3周。术后需每日用温水坐浴2-3次，每次10-15分钟，促进血液循环和伤口愈合。饮食上应保持清淡，多摄入富含膳食纤维的蔬菜水果，预防便秘。若出现发热、持续出血或剧烈疼痛需及时复诊。
肛瘘术后应穿着宽松棉质内衣，避免摩擦伤口，保持排便通畅，可适量食用火龙果、燕麦等富含膳食纤维的食物。术后1个月避免骑自行车、游泳等可能造成会阴部摩擦的运动，定期复查至伤口完全愈合。恢复期间出现异常分泌物或红肿需及时就医，不可自行使用药物处理伤口。术后3个月内建议避免辛辣刺激饮食，戒烟限酒以促进组织修复。