菠萝蜜核可以煮熟后直接食用，也可用于炖汤或制作甜品。菠萝蜜核含有淀粉、蛋白质和矿物质，适量食用有助于补充营养。
菠萝蜜核需彻底煮熟后食用，生食可能引起胃肠不适。将洗净的核放入沸水中煮20-30分钟至变软，剥去外层硬壳即可食用。煮熟的核口感类似板栗，可直接作为零食，也可切碎加入粥品或炖肉汤中增加风味。部分地区的传统做法会将核与红糖、椰浆一起熬制成甜品。核仁含有少量氢氰酸前体物质，建议每次食用不超过10颗，避免过量摄入。
菠萝蜜核含有约25%的淀粉和5%的蛋白质，同时富含钾、镁等矿物质。其膳食纤维含量较高，有助于促进肠道蠕动。核仁中的植物化合物可能具有抗氧化作用，但目前缺乏充分临床证据支持其药用价值。对菠萝蜜过敏者应避免食用核仁，胃肠功能较弱者需控制摄入量以防腹胀。
日常食用菠萝蜜核建议选择新鲜饱满的核，煮前充分清洗表面黏液。可将煮熟的核仁冷藏保存3-5天，再次食用前加热处理。搭配富含维生素C的水果同食可促进铁吸收，但不宜与高鞣酸食物如浓茶同食。若食用后出现皮肤瘙痒、腹痛等过敏症状，应立即停止进食并就医。儿童及老年人食用时需注意细嚼慢咽，防止噎呛。