甲状腺炎和甲减可能存在误诊情况，两者症状相似且部分检查指标重叠，但通过详细病史采集、特异性抗体检测及影像学检查可降低误诊概率。
甲状腺炎与甲减的误诊多发生于疾病早期或非典型病例。甲状腺炎患者可能出现短暂甲亢期后进入甲减阶段，若仅依据单一时间点的甲状腺功能检查，可能误判为原发性甲减。桥本甲状腺炎患者甲状腺过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体阳性率较高，而亚急性甲状腺炎常有红细胞沉降率升高和甲状腺摄碘率降低的特征。超声检查中桥本甲状腺炎典型表现为弥漫性低回声伴网格样改变，亚急性甲状腺炎则呈现片状低回声区。甲减诊断更依赖持续性促甲状腺激素升高和游离甲状腺素降低，且多数无甲状腺疼痛或肿大等炎症表现。
少数情况下，中枢性甲减可能被误诊为原发性甲减，需通过促甲状腺激素释放激素试验鉴别。碘缺乏地区可能出现单纯性甲状腺肿伴甲减，易与甲状腺炎混淆。某些药物如锂制剂、干扰素可能同时诱发甲状腺炎和药物性甲减，增加鉴别难度。甲状腺核素扫描对鉴别亚急性甲状腺炎和Graves病有较高价值，但需注意孕妇禁用。
对于疑似甲状腺疾病患者，建议完善甲状腺功能七项检查、抗体检测及甲状腺超声，必要时行细针穿刺活检。日常需避免高碘或低碘饮食，规律监测甲状腺功能变化，出现颈部肿痛、怕冷、嗜睡等症状时应及时复查。妊娠期女性及有自身免疫疾病家族史者需加强筛查频率。