冰醋酸可以用于辅助治疗灰指甲，但需在医生指导下使用。灰指甲是由真菌感染引起的甲病，医学上称为甲癣，冰醋酸通过改变局部酸性环境抑制真菌生长。
冰醋酸浓度为30%时具有一定抗真菌效果，可直接涂抹于病甲表面，每日1-2次，使用前需将病甲打磨变薄以促进渗透。治疗期间可能出现局部刺痛或皮肤脱屑，若出现明显红肿需停用。单用冰醋酸治愈率较低，通常需联合特比萘芬乳膏、环吡酮胺搽剂等抗真菌药物。孕妇及甲周皮肤破损者禁用，糖尿病患者的灰指甲应优先选择口服抗真菌药。
严重甲板增厚或累及甲根的情况，冰醋酸难以渗透至感染灶，需配合口服伊曲康唑胶囊或激光治疗。儿童灰指甲因甲板较薄，使用冰醋酸易引发刺激性皮炎，建议采用阿莫罗芬搽剂等儿童适用药物。免疫缺陷患者合并灰指甲时，冰醋酸不能替代系统性抗真菌治疗。
灰指甲治疗期间需保持足部干燥通风，每日更换棉袜并用沸水烫洗，避免与他人共用指甲剪。饮食可适当增加富含蛋白质和锌的食物如鱼类、坚果，帮助甲板修复。治疗周期通常需3-6个月，新甲完全长出前应持续用药，定期复查真菌镜检。合并足癣者需同步治疗，防止交叉感染。公共场所尽量不赤足行走，选择透气性好的鞋子减少真菌滋生环境。