冰醋酸可用于治疗由真菌感染引起的灰指甲，常见浓度为30%。使用前需将患处清洁干燥，用棉签蘸取药液涂抹于病甲及周围皮肤，每日1-2次，持续3-6个月直至新甲完全生长。对甲板较厚者可先锉薄再用药，避免接触健康皮肤。
冰醋酸通过酸性环境破坏真菌细胞结构抑制其生长，适用于轻中度甲真菌病。治疗初期可能出现局部刺痛或轻微灼烧感，通常可耐受。若病甲面积超过50%、合并细菌感染或用药后出现明显红肿溃烂，需停用并就医。孕妇及甲周皮肤破损者慎用，避免药液入眼。
灰指甲治疗期间需配合保持足部干燥透气，定期消毒鞋袜，不与他人共用指甲剪等物品。顽固性感染可联合口服抗真菌药物如特比萘芬片、伊曲康唑胶囊，但须在医生指导下使用。治愈后仍需观察半年以防复发，日常可涂抹抗真菌乳膏预防。