胃镜检查一般比较安全，但存在少数风险，主要包括咽喉损伤、消化道穿孔、心肺并发症、感染和麻醉相关风险。
胃镜检查过程中，内镜可能因操作不当导致咽喉部轻微擦伤或出血，通常可自行恢复。若患者存在食管或胃壁薄弱病变，可能增加穿孔风险，表现为剧烈胸痛或腹痛，需紧急处理。部分患者因紧张或原有心肺疾病，可能出现心率异常或血氧下降，需术中严密监测。消毒不彻底可能导致感染，但规范操作下概率极低。无痛胃镜使用的麻醉药物可能引发过敏或呼吸抑制，需由专业麻醉师评估。
高龄、严重心肺疾病、凝血功能障碍或消化道梗阻患者风险相对较高。检查前未严格禁食可能增加误吸风险。若操作者经验不足或设备故障，可能增加机械性损伤概率。术后过早进食可能诱发出血或不适。极少数情况下，活检可能导致持续出血或迟发性穿孔。
为降低风险，建议选择正规医疗机构，检查前如实告知病史和用药情况，严格遵医嘱禁食禁水。术后2小时内避免进食，以温凉流质食物为主，观察是否有呕血、黑便或持续腹痛。避免剧烈运动和饮酒，保持情绪平稳。若出现发热、胸痛等异常症状应及时就医。长期服用抗凝药者需提前与医生沟通调整用药方案，糖尿病患者需监测血糖变化。定期胃镜复查者应记录既往检查结果供医生参考。