肛瘘手术通常能根治，但需根据瘘管复杂程度和术后护理情况决定复发概率。
肛瘘手术的根治效果与瘘管类型密切相关。单纯性低位肛瘘通过瘘管切开术或瘘管切除术可达到90%以上的治愈率，这类瘘管位置表浅、分支少，术中能完整清除感染源。术后1-2周创面逐渐愈合，配合规范换药和坐浴，复发概率通常低于5%。复杂性高位肛瘘存在多发性瘘管或穿越肛门括约肌深层，需采用挂线疗法、推移瓣修补等术式，治愈率约为70-80%。这类手术需分阶段处理，首次手术主要引流脓液，二次手术才彻底切除瘘管，过程中可能出现创面延迟愈合或部分括约肌功能暂时性减弱。
术后3个月内复发多与术中瘘管追踪不全、支管残留有关，表现为原切口处再次肿痛渗液。糖尿病患者、克罗恩病患者因组织修复能力差和慢性炎症存在，术后复发风险增加30-40%。长期便秘或腹泻造成的肛门压力变化也可能导致新发瘘管形成。术后需定期进行肛门指诊和超声检查，发现异常肉芽增生或硬结需及时处理。
术后应保持每日1-2次温水坐浴，每次10-15分钟，水温控制在40℃左右，可添加高锰酸钾溶液（1:5000浓度）辅助消炎。饮食选择高纤维食物如燕麦、西蓝花，每日饮水量不少于2000毫升，避免辛辣刺激食物。排便后使用柔软无香型厕纸清洁，必要时用生理盐水冲洗。术后2周内避免久坐久站，可进行提肛运动（每日3组，每组10次）促进血液循环。出现发热、剧烈疼痛或大量渗液需立即复诊。术后3个月、6个月应分别进行肛门镜复查，评估愈合情况。