肛瘘通常需要手术治疗，保守治疗仅适用于部分特殊情况。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的慢性感染性管道，手术是根治的主要手段。
肛瘘的手术必要性与其病理特点相关。瘘管形成后，由于肛门括约肌的持续运动和粪便污染，自然愈合概率极低。临床常见术式包括肛瘘切开术、肛瘘切除术、挂线疗法等，通过彻底清除瘘管和内口达到治愈目的。手术能有效避免反复感染、脓肿复发及肛门功能损伤。部分高位复杂性肛瘘可能需分阶段手术或结合生物材料修补。
少数情况下可尝试保守治疗。婴幼儿肛瘘存在自愈可能，可通过坐浴、抗生素控制感染。免疫力低下患者或合并严重基础疾病者，可能暂时采用引流、抗感染等姑息治疗。但保守治疗无法消除瘘管，复发率高，长期可能加重病情。
术后需保持肛门清洁，每日用温水坐浴2-3次，排便后及时清洗。饮食宜清淡，多摄入膳食纤维丰富的蔬菜水果如西蓝花、香蕉等，避免辛辣刺激食物。穿着宽松棉质内裤减少摩擦，避免久坐久站。术后1个月内禁止剧烈运动，按医嘱定期换药复查。若出现发热、剧烈疼痛或渗液增多需及时就医。