肛瘘通常需要手术治疗，但极少数表浅单纯性肛瘘可尝试药物保守治疗。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的慢性感染性管道，自愈概率极低。
对于未形成复杂分支的单纯性低位肛瘘，若瘘管直径小于3毫米且无急性感染表现，可短期尝试抗生素控制感染。常用药物包括头孢克肟分散片、甲硝唑片和左氧氟沙星胶囊，需配合高锰酸钾坐浴促进局部清洁。但药物治疗仅能暂时缓解症状，无法根治瘘管结构，复发率超过80%。
绝大多数肛瘘需手术切除瘘管。特别是高位复杂性肛瘘、结核性肛瘘或合并克罗恩病的情况，保守治疗无效。拖延手术可能导致瘘管分支增多、肛门失禁等并发症。术后需保持创面清洁，定期换药1-2个月直至愈合。
肛瘘患者日常应避免久坐久站，保持每日排便通畅，便后用温水清洗肛周。饮食需限制辛辣刺激食物，增加燕麦、火龙果等富含膳食纤维的食材。出现肛周肿痛、渗液等症状时需及时复查，术后患者应每3个月随访1次排除复发。特殊人群如糖尿病患者更需严格控制血糖，降低感染风险。