木瓜酵素对婴幼儿的作用有限，不建议作为常规补充剂使用。木瓜酵素主要含有蛋白酶类成分，可能有助于缓解轻度消化不良，但婴幼儿消化系统发育不完善，使用需谨慎。
木瓜酵素是从木瓜果实中提取的复合酶，主要包含木瓜蛋白酶、木瓜凝乳蛋白酶等成分。这些酶类在体外实验中显示能分解蛋白质，理论上可辅助食物消化。对于成人而言，适量摄入可能改善蛋白质类食物的消化吸收，但婴幼儿的胃肠环境与成人差异显著。婴幼儿胃酸分泌量少，肠道菌群未完全建立，消化酶分泌模式与成人不同。过早引入外源性酶可能干扰自身消化系统的发育规律。
目前缺乏高质量临床研究证实木瓜酵素对婴幼儿的安全性及有效性。部分商业宣传中提到的增强免疫力、促进生长发育等功效缺乏科学依据。婴幼儿出现消化不良症状时，更推荐通过调整喂养方式、减少单次喂养量、延长喂养间隔等自然方式缓解。若症状持续或加重，应及时就医排查乳糖不耐受、牛奶蛋白过敏等病理因素。
婴幼儿的饮食应以母乳或配方奶为主，6月龄后逐步添加辅食时需遵循由少到多、由稀到稠、由单一到多样的原则。家长无须刻意补充消化酶制剂，日常可通过顺时针按摩婴儿腹部、保持适宜室温、避免过度包裹等方式促进胃肠蠕动。如发现宝宝存在持续拒奶、体重增长缓慢、反复吐奶等情况，应优先就诊儿科或儿童消化专科，避免自行使用木瓜酵素等可能含有过敏原的产品。