甲状腺功能异常可能影响生育能力，甲状腺激素水平紊乱会干扰女性排卵和男性精子质量，但通过规范治疗多数患者可正常生育。
甲状腺功能减退可能导致女性月经周期紊乱、排卵障碍，男性则可能出现性欲减退和精子活力下降。促甲状腺激素水平升高会抑制促性腺激素释放，间接影响卵巢和睾丸功能。甲状腺功能亢进同样会干扰生殖内分泌轴，导致女性月经稀发甚至闭经。部分甲状腺自身抗体如抗甲状腺过氧化物酶抗体可能攻击卵巢组织，降低卵泡储备。妊娠期甲状腺功能异常还与流产、早产等不良妊娠结局相关。
少数先天性甲状腺发育不全或甲状腺癌术后患者，若未及时补充甲状腺激素，可能面临长期生育困难。合并多囊卵巢综合征或子宫内膜异位症等疾病时，甲状腺问题会加剧生育障碍。某些甲状腺药物如甲巯咪唑在妊娠早期使用可能存在致畸风险。极少数情况下，重度甲状腺危象可能造成不可逆的性腺功能损伤。
计划妊娠的甲状腺疾病患者应提前3-6个月进行甲状腺功能筛查，将促甲状腺激素控制在2.5mIU/L以下，孕期每4-6周复查激素水平。日常需保证碘摄入量在150-200μg/天，避免过量摄入十字花科蔬菜和大豆制品，规律作息减轻压力。哺乳期继续监测甲状腺功能，产后甲状腺炎高发人群应加强随访。建议配偶同步检查精液质量，必要时可考虑辅助生殖技术。