广东鱼生存在感染寄生虫的风险，淡水鱼生尤其需要警惕肝吸虫等寄生虫感染。鱼生是否安全主要取决于鱼类来源、养殖环境、加工方式和食用习惯。
淡水鱼生感染寄生虫概率较高，常见的肝吸虫可寄生于鱼肌肉组织，未经充分冷冻或高温处理的鱼生可能携带活体寄生虫幼虫。肝吸虫感染后可能引发胆管炎、肝硬化等疾病，早期症状包括腹痛、腹泻、食欲减退。部分海鱼寄生虫对人体危害较小，但仍有异尖线虫等可能引发胃肠不适。规范养殖的海鱼相对安全，但野生海鱼同样存在风险。
部分商家采用超低温冷冻处理技术可灭活多数寄生虫，日本料理标准要求零下35度冷冻15小时以上。传统广东鱼生常用白酒、芥末等调料杀菌，但实验证明这些方法无法完全杀灭寄生虫。个别地区沿用古法流水养殖数月的"瘦身鱼"降低寄生虫负荷，但无法达到完全灭活效果。
建议选择正规渠道的深海鱼制作鱼生，避免食用淡水鱼生。食用前需确认经过符合标准的冷冻处理，处理过程需保持刀具、砧板卫生。高危人群如儿童、孕妇、免疫力低下者应避免生食。若食用后出现持续腹痛、发热等症状，应及时就医进行寄生虫检测，临床常用吡喹酮片、阿苯达唑片等驱虫药物治疗。