沙棘醋每天饮用10-30毫升较为适宜，可分1-2次稀释后饮用。沙棘醋含有有机酸及黄酮类物质，空腹饮用可能刺激胃肠黏膜，建议餐后或随餐服用。
沙棘醋的饮用方式需结合个人体质调整。胃肠功能正常者可选择早餐后半小时饮用5-15毫升，用200毫升温水稀释，有助于促进消化。下午时段可再次饮用等量稀释液，避免与高蛋白食物同服以免影响吸收。对于初次尝试者应从5毫升开始逐步增量，连续饮用不超过3个月后建议停用1-2周。糖尿病患者饮用前需监测血糖变化，胃食管反流患者应避免睡前饮用。沙棘醋可与蜂蜜按1:3比例调配改善口感，但不宜与碳酸饮料或酒精饮品混合。玻璃杯盛装稀释液可减少金属离子与有机酸反应，饮用后建议清水漱口保护牙釉质。
长期饮用沙棘醋需注意观察排便情况，出现腹泻或胃灼热感应立即停用。日常储存应避光密封置于阴凉处，开盖后需冷藏并在1个月内用完。搭配富含维生素C的柑橘类水果可提升抗氧化效果，但避免与阿司匹林等抗凝药物同服。特殊人群如孕妇、儿童及术后患者应在营养师指导下控制摄入量。