芋头发芽后一般可以吃，但需彻底去除芽眼及周围组织。芋头发芽可能产生轻微毒素，但经高温烹煮后通常可安全食用。
芋头发芽时会在芽眼周围积累龙葵碱类物质，这类成分可能引起口腔麻刺感或胃肠不适。新鲜芋头发芽初期芽体较短时，毒素含量较低，挖除发芽部位及周边1厘米厚度的肉质后，经过充分加热处理可破坏剩余毒素。带皮蒸煮30分钟以上或高压炖煮能有效降解有害物质，适合制作芋泥、炖汤等需要长时间加热的菜肴。发芽芋头应避免凉拌或快速翻炒等短时烹饪方式。
若芋头发芽时间超过一周，芽体长度超过2厘米或伴有肉质变绿、发软等情况，龙葵碱含量可能显著升高。此类芋头即使切除发芽部分仍存在风险，可能出现恶心呕吐等中毒症状，孕妇及儿童应避免食用。储存不当导致霉变的发芽芋头含有多种真菌毒素，高温也无法完全分解，须整颗丢弃。购买时应选择表皮完整无芽点的芋头，置于阴凉通风处可延缓发芽。
处理发芽芋头时建议佩戴手套防止黏液刺激皮肤，烹饪前用流水反复冲洗表面土壤。消化功能较弱者或过敏体质人群初次食用发芽芋头需控制摄入量，出现舌头发麻等不适立即停食。日常可将芋头分装冷藏保存，短期不食用可去皮切块冷冻，避免反复解冻加速变质。