肺炎真菌感染的严重程度需结合患者免疫状态和感染类型判断，多数情况下及时治疗可控制，但免疫功能低下者可能出现重症。
免疫功能正常的患者发生肺炎真菌感染时，通常表现为咳嗽、低热、胸痛等局部症状，经规范抗真菌治疗如使用伏立康唑注射液、卡泊芬净冻干粉针或两性霉素B脂质体后预后较好。这类感染多由念珠菌、曲霉菌等条件致病菌引起，病灶多局限在肺部，较少出现全身播散。
对于艾滋病、器官移植后或长期使用免疫抑制剂的患者，肺隐球菌、毛霉菌等致病菌可能导致快速进展的坏死性肺炎，伴随咯血、呼吸衰竭等严重症状。此时感染易通过血行播散至中枢神经系统或骨骼，需联合泊沙康唑口服混悬液、米卡芬净钠等强效药物，部分病例需手术清除坏死组织。
日常需注意保持居住环境通风干燥，避免接触霉变物质。糖尿病患者应严格控制血糖，长期使用激素者需定期进行胸部影像学筛查。出现持续咳嗽伴痰中带血、呼吸困难等症状时须立即就医，延误治疗可能导致不可逆的肺纤维化或全身多器官衰竭。