手术是治疗肛瘘的主要手段，基本原则是：去除病灶、通畅引流，尽可能减少肛门括约肌损伤，保护肛门功能。由于肛瘘的复杂性和一些特殊的病理背景，肛瘘术后有一定的复发率。鉴于高位复杂性肛瘘的特殊病理和生理环境及肛门功能的重要性，“带瘘生存”亦可作为一个原则加以选择，不应为盲目追求手术根治而忽视其可能带来的严重并发症。中药治疗仅限于患者恢复期的调整和暂不适合手术者。

非手术治疗

1、分型证治

(1)湿毒内蕴

治则：清热解毒，除湿消肿。

例方：萆薢渗湿汤合五味消毒饮加减。

常用药：萆薢、薏苡仁各30g、黄柏12g、茯苓、丹皮、泽泻各15g、滑石30g(包)、通草6g、金银花9g，野菊花、紫花地丁、蒲公英各4g。

(2)正虚邪恋

治则：补益气血，托里生肌。

例方：十全大补汤。

常用药：人参、白术、茯苓、炙甘草、当归、川芎、熟地、白芍、黄芪、肉桂各10g。

(3)火毒蕴结

治则：泻火解毒，祛瘀散结。

例方：五味消毒饮合仙方活命饮加减。

常用药：金银花、野菊花、蒲公英、紫花地丁各10g、白芷10g、乳香、没药各10g、皂刺10g、归尾10g。

2、中药外洗

清热解毒，消肿止痛。如苦参汤、祛毒汤等。

(二)粘堵法

对单纯非炎症期肛瘘可行纤维蛋白胶粘堵法治疗，其优点是无括约肌损伤，不影响肛门功能，且操作简便，但复发率较高。

手术治疗

(一)手术方式

1、肛瘘切开(除)术：适用于单纯性肛瘘。肛瘘切开术较好，肛瘘切除术创面大，愈合时间相对较长，可发生肛门失禁。

2、挂线术：合理选用切割挂线和引流挂线。一期切割挂线：适用于高位肛瘘涉及到大部分肛门外括约肌浅部以上者。二期切割挂线：适用于部分高位肛瘘合并有难以处理的残腔，或需二次手术及术后引流。长期引流挂线：适用于高位经括约肌克罗恩病肛瘘患者，以预防复发性脓肿的形成和保持肛门功能。短期引流挂线：尽管目前临床报导短期挂线引流治疗肛瘘有效，完全保留了括约肌，不会导致肛门失禁，但因其复发率高，临床应用需谨慎。

3、黏膜瓣推移术：适用于高位肛瘘内口明确且不伴严重感染的患者和女性前侧肛瘘。

临床也可采用切开、旷置、挂线、缝合等方法有机结合，减小创伤。

(二)术后并发症

尤其是高位复杂性肛瘘术后可能发生肛门移位、黏膜外翻、肛管缺损、肛门失禁等并发症。手术时应尽量减小创面，必要时可行肛门括约肌修补或皮瓣整形术。

(三)特殊患者的处理

1、克罗恩病肛瘘

在全身治疗的同时尽量以保守治疗为主。无症状的克罗恩病肛瘘：无需手术治疗;低位克罗恩病肛瘘：采用瘘管切开术;复杂性克罗恩病肛瘘：可长期挂线引流作姑息性治疗。如直肠黏膜肉眼大体正常可采用推移黏膜瓣闭合内口。

2、结核性肛瘘

需结合全身抗结核治疗(异烟肼偶、利福平、乙胺丁醇、链霉素等)配合中药局部使用(包括中药膏剂及坐浴)，其成分主要有：黄柏、紫草、马齿苋、苦参、白芷、当归、枯矾、以表浅瘘为主，有自愈可能，非手术无效可选择切开术。