生殖器疱疹危害巨大，而据国外科研机构报告表明，生殖器疱疹可能是导致人工流产后不孕症以及男性不育症的重要因素。生殖器疱疹还可以引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。部分生殖器疱疹病毒HSV1可能经周围神经沿神经轴转入三叉神经节，HSV-2则转入骶神经节长期潜伏于神经细胞内。如机体受到创伤、高热、过敏、月经等原因引起感染和复发时，会并发腰髓部神经炎、脊髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痹等症。临床治疗中发现，生殖器疱疹常与其他性传播疾病，如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣、阴道念珠菌病、滴虫等混合感染故在诊治中应该加以重视。