金针菇蛋白质含量较高，每100克鲜品约含2.4克蛋白质，属于菌菇类中蛋白质较丰富的品种。蛋白质含量主要与生长阶段、栽培方式和储存条件有关。
1、生长阶段
金针菇子实体成熟期蛋白质含量最高，未成熟或老化阶段含量逐渐降低。
2、栽培方式
采用液体发酵培养的金针菇蛋白质含量通常高于传统固体栽培方式。
3、储存条件
新鲜金针菇冷藏保存3天内蛋白质流失较少，冷冻储存会导致部分蛋白质变性。
4、加工方式
烘干处理会使金针菇蛋白质浓缩，但高温长时间加工可能破坏氨基酸结构。
金针菇蛋白质含有人体所需8种必需氨基酸，建议搭配谷物类食物食用以提高蛋白质利用率，过敏体质者需谨慎食用。