甲状腺疾病是由多种病因引起的，一般来说，有以下几种原因：
1、碘源性因素——碘是合成甲状腺激素的重要物质，缺碘可引起甲状腺肿，甲状腺机能减退等；而过量摄入碘，可引起碘源性甲亢。
2、自身免疫因素——毒性弥漫性甲状腺肿，为临床上通称的甲亢，最常见。它主要由自身免疫过程和精神刺激而引起的。在甲减的病因中，慢性淋巴细胞性甲状腺炎，又称桥本甲状腺炎。它也是一种自身免疫性疾病，甲状腺因炎性损害，可出现甲状腺功能减退症。
3、家族遗传因素——家族遗传性酶缺陷可引起甲状腺激素合成障碍，导致甲状腺肿及甲减。
4、医源性因素——手术、放射性碘、治疗甲亢药物等，治疗不当，均可引起甲状腺功能减退；而服用甲状腺素过量，可引起药源性甲亢。
5、其他因素——感染可引起急性甲状腺炎，垂体肿瘤可引起垂体性甲亢，发育不良可引起甲状腺先天异常。