有多种预防新结石形成的方法，取决于现有结石的成分，应分析这些结石，测定尿中能形成结石的这些物质的浓度。
大多数患含钙结石的病人有高尿钙症，尿中有过多的钙排出。噻嗪类利尿剂，如三氯噻嗪可减少这些病人新结石的形成。鼓励病人大量饮水，每日2000～3000ml。进食低钙膳食及服用磷酸纤维素钠，一种树脂，可能有益，但这些方法可致血钙浓度过低。口服枸橼酸钾可提高较低的尿枸橼酸浓度，枸橼酸是一种能抑制钙石形成的物质。进食过多富含酸盐的食物，如大黄、菠菜、可可、坚果、胡椒和茶叶或因某肠道疾病，可致尿中高浓度的酸盐，有助于钙石形成，膳食的改变可能有助于基础疾病的治疗。
非常罕见的情况下，钙石由其他疾病所引起，如甲状旁腺功能亢进症、结节病、维生素D中毒、肾小管酸中毒或癌症。在这些病人，应治疗基础疾病。
尿酸结石的病人，应鼓励少吃肉、鱼、家禽类食品。因为这类食品可增加尿酸水平。可给予病人别嘌呤醇以减少尿酸生成。因为尿酸度增加时易形成尿酸结石，故应给予枸橼酸钾碱化尿液。大量饮水也有益。
因磷酸镁铵结石提示尿路感染，故应使用抗生素。