卡氏肺囊虫病的症状主要包括干咳、发热、呼吸困难和胸痛，按病程进展可分为早期表现、进展期症状和终末期表现。
1、早期表现
初期常见持续性干咳和低热，可能伴有活动后轻微气促，此时胸部影像学可见双肺弥漫性间质浸润。
2、进展期症状
病情进展后出现进行性呼吸困难，静息状态下血氧饱和度下降，部分患者可见指甲床发绀，胸部CT显示磨玻璃样改变。
3、终末期表现
晚期表现为严重呼吸窘迫和三凹征，需机械通气支持，可并发急性呼吸窘迫综合征，胸片呈白肺样改变。
出现不明原因呼吸困难伴发热时应尽早就医，HIV感染者等免疫缺陷人群需定期进行预防性用药和肺部影像学筛查。