早期反流性食管炎进行内科治疗的目的是使食管粘膜长期不受刺激，消除或中和酸性分泌物，终止从表面粘膜传向基底细胞的信息，达到乳头退缩，表面上皮恢复正常，食管对酸的易感性降低，病人无烧心感。
改善食管下括约肌的功能，避免胃内容物的反流。可从以下几个方面着手。①低脂饮食，少食少餐，忌烟、酒等。②由于从胃反流到食管易于在夜间病人处于水平位、头低脚高位时发生，因此，床头应抬高，这样即便反流也能很快地消除。③应用一些能增加食管下括约肌的张力、促进食管收缩、加快食物排空的药物，如胃复安、吗丁啉等。
抗酸治疗。每小时服用抗酸剂，一方面是中和酸减少对食管粘膜的刺激，减轻疼痛。另一方面是酸被中和的同时，刺激胃窦释放胃泌素，使食管下括约肌肌力加强，防止反流。其次，抗酸剂与酸中和后的物质能悬浮于表面，在粘液池的顶部起屏障作用，保护胃及食管的粘膜。应用液体抗酸剂为最好，不仅能中和胃酸，还能中和食管上的酸性液体。
当反流性食管炎导致器质性狭窄，又因狭窄造成吞咽困难，用一般方法不能缓解时，可采用探条扩张术。如果效果还不理想，应施行外科手术。
手术的目的是为降低反流，增进食管排空速度，减低胃酸及解除食管梗阻。反流性食管炎病人没有狭窄而仅有裂孔疝，可单一进行疝的修补。并发狭窄，必须切除狭窄段，采用结肠旁路，替换狭窄段，吻合断端。