脑干脑炎多数患者经规范治疗可治愈，部分可能遗留后遗症，恢复程度与病情严重程度、治疗时机及个体差异有关。
1、治愈概率
轻中度脑干脑炎患者早期接受抗病毒或免疫治疗，多数可完全康复，较少遗留后遗症。
2、后遗症风险
重症患者可能出现平衡障碍、吞咽困难等后遗症，与脑干神经核团受损程度相关。
3、治疗关键
早期使用糖皮质激素、丙种球蛋白等免疫调节治疗，配合神经营养药物可改善预后。
4、康复管理
后遗症期需持续进行吞咽训练、步态矫正等康复治疗，多数功能缺损可逐步改善。
发病后3个月内为黄金康复期，建议在神经科医师指导下结合药物与康复训练，定期评估神经功能恢复情况。