疗程是慢性肾盂肾炎治疗成败的关键，不能足疗程用药，即使原治疗有效，往往不能彻底清除细菌，同时培养了耐药菌，使致病菌得到喘息，一旦条件适宜，即可复发，病情迁延。因此，慢性肾盂肾炎急发时，按急性肾盂肾炎的治疗原则用药，总疗程不少于4周。当临床症状被控制后，可停药观察，一般每月复查尿常规和尿细菌培养一次，共半年。若尿中仍有菌，可采用长程低剂量抑菌治疗，具体方法为：每晚睡前排尿后口服单一剂量抗生素，剂量为每日剂量的1/3—1/2。抗菌药可选择3—4种为一组循环使用，即可使副作用降到最低，又可预防耐药性的产生，还可达到较好的抑菌效果。如可选用复方新诺明、羟氨苄青霉素、头孢菌素Ⅳ等。疗程尚无定论，可用4个月、6个月、甚至1年。