从气管至肺泡的呼吸器官,最先是从前肠（后来发展为食管部）腹侧壁呈沟状凹陷（肺沟lung gro－ove）开始发生.稍后一些时期,以食管－气管间的开口被从后方延伸来的食管气管中隔全部闭锁,仅保留有喉头部分.如果这种闭锁不完全,在喉头以外的部位便留下气管食管间的通口,称此为食管气管瘘. 食管和呼吸道在发生过程中均起源于胚胎原肠的前肠.原始食管位于呼吸器官的后方.原肠分前肠,中肠和后肠三个部分.在早期,原肠的头侧和尾侧均闭锁.胚胎发生的第3周末,原肠头侧的咽膜破裂,使前肠与口窝相通.随着心脏向下方移位,食管的长度迅速增加.胚胎发生第21～26日,前肠的两侧呈现喉气管沟,继而上皮生长形成食管气管隔,将食管与气管分隔开.如食管与气管未完全分开,两者管腔相通则形成食管气管瘘.食管气管隔向后偏位或前肠上皮向食管腔生长过度则形成食管闭锁.此外,在食管发育的早期,部分前肠细胞自食管分离出来,并继续生长,则可形成食管重复畸形,大多表现为靠近食管壁的囊肿,有的囊肿与食管腔沟通.