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卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，而各个不同阶段的卵泡在卵巢皮质，若卵巢遭受到破坏，使卵子发育、成熟及排出受损，就会导致不孕。卵巢囊肿属于卵巢肿瘤的一种，其引起不孕的机制与干扰排卵功能有关。某些含有内分泌功能的卵巢囊肿，如卵巢甲状腺瘤、卵巢颗粒—卵泡膜细胞瘤、睾丸母细胞瘤等，可因其所含肿瘤组织成分不同而产生某些相应激素，从而干扰了卵巢激素的正常分泌和排卵，出现闭经，子宫出血，多毛和不孕等症状。
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