生鸡蛋可能增加沙门氏菌感染风险并影响蛋白质吸收，通常不建议直接食用。生鸡蛋可能携带沙门氏菌等致病微生物，且含有的抗胰蛋白酶会阻碍蛋白质消化，加热后这些风险可消除。
生鸡蛋的蛋清中含有抗胰蛋白酶，这种物质会与人体消化酶结合，降低蛋白质的分解效率，导致营养吸收率下降。鸡蛋经过加热后，抗胰蛋白酶会被破坏，蛋白质的生物利用率可显著提高。生鸡蛋的脂肪和维生素吸收率也低于熟鸡蛋，尤其是脂溶性维生素A、D、E的吸收需要胆汁乳化，生鸡蛋的完整细胞结构会阻碍这一过程。部分人群可能对生鸡蛋中的卵类黏蛋白过敏，出现皮肤瘙痒或胃肠不适。
沙门氏菌污染是生鸡蛋最突出的安全隐患，该细菌可能存在于蛋壳或蛋液内，摄入后会引起发热、腹泻等食物中毒症状。免疫功能低下者、孕妇及儿童感染后可能出现严重并发症。生鸡蛋的胆固醇氧化产物含量虽低，但长期食用可能对血管内皮细胞产生潜在影响。某些特殊饮食方式如日式寿喜烧蘸生蛋液时，建议选择经过巴氏杀菌的蛋制品。
日常饮食中应将鸡蛋彻底加热至蛋白凝固，蛋黄变稠的状态，可搭配蔬菜水果补充维生素C促进铁吸收。储存时需冷藏并尽快食用，避免磕碰导致蛋壳微裂缝增加污染风险。若误食生鸡蛋后出现持续腹痛或腹泻，应及时就医排查感染可能。
