高位肛瘘的最佳治疗方法通常需要手术干预，主要方式包括肛瘘切开术、挂线疗法、肛瘘切除术等。具体术式需根据瘘管位置、深度及是否合并感染等因素综合评估。
肛瘘切开术适用于单纯性高位肛瘘，通过切开瘘管壁促进愈合，具有创伤小、恢复快的优势，但需注意保护肛门括约肌功能。挂线疗法采用弹性材料贯穿瘘管逐步切割，适合复杂瘘管或合并脓肿的情况，能有效降低肛门失禁风险。肛瘘切除术对瘘管及周围瘢痕组织进行完整切除，复发率较低但创伤较大。对于合并活动性感染的患者，术前需配合抗生素如头孢克肟分散片、甲硝唑片控制炎症。部分病例可采用生物补片或激光消融等微创技术，但远期疗效仍需观察。
术后需保持会阴清洁，每日用高锰酸钾溶液坐浴2-3次，饮食选择高膳食纤维食物如燕麦、西蓝花预防便秘。避免久坐久站，定期复查瘘管愈合情况，若出现发热、剧烈疼痛或渗液增多应及时就医。恢复期间可遵医嘱使用复方角菜酸酯栓缓解局部不适，禁止自行使用强效止疼药掩盖症状。建议术后3-6个月内避免剧烈运动和重体力劳动，降低复发概率。
