肠镜检查通常需要挂消化内科或胃肠外科，具体科室选择可能与医院分科有关。消化内科主要负责消化道疾病的诊断与治疗，胃肠外科则侧重于需要手术干预的胃肠道疾病。
消化内科是肠镜检查的主要科室，负责胃肠道炎症、息肉、溃疡等常见病的诊断。患者出现腹痛、腹泻、便血等症状时可优先选择。
胃肠外科主要处理需要手术治疗的肠道疾病，如肠梗阻、肿瘤等。当肠镜检查发现需手术处理的病变时会转诊至该科室。
部分医院设有独立的内镜中心，专门负责胃肠镜检查。这类中心通常由消化内科医生操作，可直接预约检查。
健康体检中的肠镜检查可在体检中心完成，但发现异常仍需转诊至专科。适合无症状人群的常规筛查。
检查前需按医嘱进行肠道准备，检查后注意观察有无腹痛、便血等异常情况，清淡饮食1-2天。
