脑炎可能遗留后遗症，常见后遗症包括认知障碍、运动功能障碍、癫痫发作及语言障碍，后遗症发生概率与病情严重程度、治疗及时性密切相关。
病毒或细菌感染导致脑实质损伤可能引发记忆力减退、注意力下降，需通过认知康复训练结合多奈哌齐、美金刚等药物干预。
基底节区受损可能导致偏瘫或共济失调，物理治疗配合左旋多巴、巴氯芬等药物有助于功能恢复。
脑皮层异常放电可发展为继发性癫痫，需长期服用丙戊酸钠、卡马西平或拉莫三嗪控制发作。
额叶或颞叶损伤可能造成失语症，语言训练配合溴隐亭、尼莫地平可改善症状。
急性期规范治疗可降低后遗症风险，康复期建议定期神经科随访并保持适度运动训练。
